参勤交代の際に、藩主を乗せて瀬戸内海を行き来した御座船「波奈之丸」は、二代忠興によって寛永元年（１６２４）に建造され、修理を重ねて使用された。 　
天保１０年（１８３９）に再建された六代目の屋形部分が現存しており、熊本城天守閣内に展示されている。 　
格天井には、百七十種もの草花や果実が御抱え絵師、杉谷行直によって、色鮮やかに描かれ、当時の藩主、斎樹（なりたつ）好みの大変豪華な装飾の船であったことが窺える。